Территория Дзаффераны Этнеа еще со времен римской оккупации находилась на пересечении путей из города Tauromenium в город Katane, таким образом создавая альтернативу via Consolare Valeria, которая тянулась вдоль Ионического побережья. Эта предгорная дорога облегчала перемещение римских солдат под прикрытием от вражеских атак и позволяла достигать лесов Этны, древесина которых использовалось в сооружении кораблей.
В связи с этим знаменитый палермитанский антрополог Giuseppe Pitrè в своей Библиотеке народных традиций упоминает о Zafferana как о месте, где бывали трое святых Alfio, Filadelfo и Cirino, захваченных полководцем Tertullo, по дороге из Tauromenium в Leontini, где их потом подвергли пыткам 10 мая 253 года. Некоторые источники свидетельствуют об извержении Этны, которое разрушило и сделало непроходимой прибрежную дорогу (via Valeria), заставив таким образом легион и осужденных поменять маршрут в пользу предгорной дороги.
Небольшую часть этой древней мощеной дороги впоследствии переделанной в тропу для вьючных животных (мулов) и использовавшейся еще до начала прошлого века, еще можно найти в районе дороги Dagalone. Другим доказательством прошлого присутствия римлян в этих местах является обнаружение древних римских монет.
Так как зона постоянно находилась под разрушительным влиянием извержений и землетрясений, не сохранилось других исторических находок, предшествующих землетрясению Val di Noto 1693 года.
История современного поселения начинается с основания Приората Сан Джакомо, бенедектинского монастыря, построенного во времена средневековья. Более менее четкая информация восходит к 1387 году на основании документа, подписанного епископом Катании Simone del Pozzo. Папская булла, подписанная Папой Eugenio IV в 1443 году, свидетельствует о существовании некой церкви, посвяще&11085;ной святому Джакомо, обрядовой и приходской. Печать создает впечатление, что помимо паломников спешивших сюда в день святого, 25 июля, эту церковь также посещали первые жители, которые населяли земли вокруг монастыря. Монашеская жизнь в Приорате заканчивается в 1464 году, но церковь остается открытой для обрядов по крайней мере до 1677 года; в дальнейшем скорее всего она вместе со всеми постройками была разрушена во время ужасного землетрясения 1693 года. Приорат находился в начале сужения Долины св. Джакомо, возвышаясь над современным городом.
Некоторые ученые агиографы утверждают, что первый маленький монастырь на территории Дзаффераны был основан еще святым Сабино (15 октября 760 года), епископом Катании, который оставил управление епархией, чтобы уединиться в месте тихом и спокойном вместе со своими учениками. Тем не менее достоверных источников этой информации нет, поэтому было бы довольно рискованно предполагать, что Приорат св. Джакомо возник из обычного монастыря св. Сабино.
Первый топоним, который встречается в истории Дзаффераны, это «Келья» (Cella), обозначавший район долины Сан Джакомо, где и находился Приорат. А уже в 1694 году в одном документе встречается топоним “Zafarana”, который и даст потом имя городу. Земли вокруг Zafarana находились в административном управлении между комунами Trecastagni, Viagrande и Aci Sant'Antonio до 1826 года. В то же время с религиозной точки зрения церковь городка (chiesa della Madonna della Provvidenza), построенная в начале восемнадцатого века, была связана с Приходским Деканатом (аналог Благочиния в православии) "S. Nicola di Bari" в Trecastagni, до момента создания собственного прихода (в 1753).
21 сентября 1826 года декрет Francesco I предписал, чтобы пригороды Zafarana Etnea, Sarro, Rocca d'Api, Bongiardo и Pisano образовали новую комуну с именем Zafarana Etnea, в дальнейшем Zafferana Etnea, отделившись таким образом от комун Trecastagni, Viagrande и Aci SS. Antonio и Filippo. По прошествии времени к этой новой Комуне присоединяться фракции Fleri (в 1851) и Petrulli (в 1951), в то время как пригород Bongiardo перейдет в 1934 году к новообразованной комуне Santa Venerina.